توافق‌نامه‌ و کریدور پیشنهادی که عملاً اتصال زمینی جمهوری آذربایجان به نخجوان را از راه خاک ارمنستان فراهم می‌کند، برای امنیت ملی ایران پیامدهای ترکیبی و دوپهلو دارد. از منظر تهدید، اولاً این کریدور می‌تواند نفوذ سیاسی و نظامی بازیگران فرامنطقه‌ای(به‌ویژه آمریکا و ترکیه) را در قفقاز جنوبی تقویت کند و ظرفیت اثرگذاری بر توازن منطقه‌ای را بالا ببرد؛ وضعیتی که به تضعیف اهرم‌های نفوذ دیرپای ایران در این حوزه می‌انجامد. ثانیاً کنترل خطوط ترانزیتی و عبور محموله‌ها به‌دست بازیگران دوست آمریکا می‌تواند از منظر اطلاعاتی و نظامی به چالشی برای ایران تبدیل شود؛ دسترسی سریع‌تر کنشگرهای غیربومی به مناطق نزدیک مرزهای شمال‌غرب ایران، امکان جمع‌آوری اطلاعات، استقرار لجستیکی یا حتی تحرکات نامتقارن را تسهیل می‌کند. ثالثاً اگر مدیریت گذرگاه به‌نحوی شود که منافع اقتصادی و امنیتی آذربایجان و شرکای خارجی بر منافع منطقه‌ای ایران اولویت یابد، امکان کاهش اهمیت محورها و گذرگاه‌های ترانزیتی ایرانی (مانند کریدور شمال–جنوب و بنادر جنوب) وجود دارد که از منظر بلندمدت سهم ایران در لجستیک منطقه‌ای را کاهش می‌دهد.

در طرف مقابل، این پروژه برای ایران ظرفیت‌های مثبت نیز تولید می‌کند. اگر عملاً اتصال ریلی و جاده‌ای میان ارمنستان و ایران تقویت شود، می‌تواند دسترسی ترانزیتی و صادراتی ایران به قفقاز و آسیای میانه را تسهیل کند و فضای همکاری اقتصادی جدیدی باز کند؛ آن‌گونه که نخست‌وزیر ارمنستان مطرح کرده، امکان دسترسی ارمنستان به ریل ایران و بالعکس می‌تواند منافع مشترکی ایجاد کند. این امر می‌تواند به تقویت نقش ایران در شبکه‌های حمل‌ونقل منطقه‌ای و به‌دست‌آوردن درآمدهای ترانزیتی و نفوذ اقتصادی منجر شود، به‌ویژه اگر تهران بتواند در مذاکره بر قراردادهای حمل‌ونقل، تعرفه‌ها و امنیت مسیر سهمی تعیین‌کننده کسب کند.

رویکرد جمهوری اسلامی ایران در مواجهه با چنین توافقی، بر مبنای شواهد رفتاری و الزامات امنیتی محتمل است که ترکیبی از احتیاط فعال و دیپلماسی هِجینگ(یک استراتژی در سیاست خارجی است که به معنای ایجاد نوعی تعادل و فاصله‌گیری هوشمندانه از قدرت‌های بزرگ است) را انتخاب کند. در کوتاه‌مدت تهران احتمالاً نگرانی‌های امنیتی را از طریق افزایش نظارت مرزی، تقویت پدافند و حضور اطلاعاتی در نواحی مرزی شمال‌غرب پیگیری می‌کند و از راه دیپلماتیک تلاش خواهد کرد تا ضمانت‌های حقوقی و عملی برای عدم استفاده نظامی از کریدور و حفظ منافع ترانزیتی ایران به‌دست آورد. در میانه‌مدت تهران به‌احتمال زیاد سعی می‌کند روابط خود را با هر دو طرف (ارمنستان و آذربایجان) به‌گونه‌ای مدیریت کند که اهرم‌های اقتصادی و امنیتی‌اش حفظ شود: توسعه همکاری‌های زیرساختی (ریلی و جاده‌ای) با ارمنستان، مذاکره درباره ضوابط عبور کالا و امنیت مسیر و استفاده از ظرفیت‌های منطقه‌ای مانند همکاری با روسیه و ترکیه برای تضمین ثبات. در مجموع، تأثیر نهایی بر امنیت ایران بستگی مستقیم به نحوه مدیریتِ سه عامل دارد: شرایط حقوقی و کنترلی کریدور، سطح مشارکت و منافع اقتصادی که ایران در آن به‌دست می‌آورد، و واکنش دیپلماسی فعال تهران برای تبدیل تهدیدهای بالقوه به فرصت‌های همکارانه.