سحرگاه یکم آبان سال ۱۳۵۶ خبری تکان‌دهنده همه را غافلگیر می‌کند؛ درگذشت آیت‌الله حاج‌آقا مصطفی خمینی، فرزند ارشد امام خمینی. مرگی مشکوک و ناگهانی در ۴۷ سالگی. شاهدان متعددی که بالای سر جنازه ایشان حاضر بودند، شهادت می‌دهند که لکه‌های سبزرنگی بر قسمت‌های مختلف بدن ایشان ظاهرشده بود که حکایت از مسمومیت ایشان داشت. جنازه ایشان پس از غسل با آب فرات و طواف در عتبات مقدسه کربلا، در نجف تشییع و پس از اقامه نماز توسط حضرت آیت‌الله خوئی در جنب ایوان حرم امیرالمؤمنین علیه‌السلام دفن شد.